Заповедник «Маркакольский» расположен на территории Курчумского района Восточно-Казахстанской области с целью сохранения уникального озера Маркаколь и окружающих его ландшафтов. Современная площадь заповедника составляет 75048 га, значительная ее часть (46045 га) приходится на акваторию озера Маркаколь. Сухопутная территория разделена на два участка, занимающих юго-восточное побережье и северные склоны хребта Азутау, а также долину реки Тополевки и часть водораздела Курчумского хребта.

Кургальджинский заповедник в современных границах занимает около 2600 кв.км самой низкой части Тенгиз-Кургальджинской впадины, куда стекают основные реки между Казахским мелкосопочником и Кокчетавской возвышенностью. Рельеф здесь выровненный, к западу и югу от Тенгиза слегка всхолмленный.

Заповедник «Каратауский» расположен Туркестанском районе Южно-Казахстанской области. Центральная усадьба заповедника находится в г. Кентау. Общая площадь 34,3 га. ерритория резервата занимает южный склон центральной наиболее высокой части хребта Каратау (г. Бессаз - 2167 м над уровнем моря). Рельеф местности среднегорный, четко отграниченные узкие гребни отрогов несут слабо развитые поверхности выравнивания. Только у северной границы заповедника расположено обширное нагорное плато Бессаз.

Заповедник «Западно-Алтайский» занимает площадь 56078 га у северо-восточной границы Восточно-Казахстанской области на территории двух административных районов: Риддерского (ранее Лениногорского) и Зыряновского. Основные горные хребты: Линейский, Коксинский, Ивановский и Ульбинский, не достигают больших высот и имеют рельеф эрозионного характера. Тектонические формы определяют наиболее крупные черты современной орографии. Сложная геологическая история своими истоками уходит в далекое прошлое.

Заповедник «Барсакельмес» общая площадь заповедной территории составляет 105879 га, а буферной зоны - 54947 га. В административном отношении заповедник расположен в Аральском районе Кызылординской области в 300 км на юго-запад от г. Аральск и в 210 км на запад от г. Казалинск.

Заповедник «Алакольский». Первоначально площадь заповедника составляла 12520 гектаров, затем она была увеличена до 20743 гектаров. В настоящее время в него входят два участка: дельта р. Тентек (17423 га) и острова оз. Алаколь (3320 га). Вокруг первого участка создана двухкилометровая охранная зона площадью 21547 га. Вокруг заповедных островов — Улькен Аралтобе, Средний и Кишкене Аралтобе, также установлена двухкилометровая буферная зона площадью 5130 га, в пределах которой запрещены охота, рыболовство, стоянка катеров, лодок и других плавательных средств. Алаколь-Сасыккольская система озер занимает пустынную впадину между горными системами Джунгарского Алатау и Тарбагатая в юго-восточной части Казахстана. В центре впадины находится система крупных озер: Сасыкколь, Кошкарколь, Уялы, Алаколь, Жаланашколь.

Заповедник «Алма-Атинский» - создан 15 мая 1931 г. как Мало-Алма-Атинский с площадью в 15000 га. В 1935 г. после увеличения его площади до 40000 га, а затем до 856680 га, он стал именоваться Алма-Атинским и, кроме бассейна Малой Алмаатинки, включал уже Жаланашскую и Согетинскую долины с прилегающими горами.

Заповедник «Аксу-Джабаглы» занимает площадь 128118 га в пределах Южно-Казахстанской и Жамбылской областей на стыке границ Казахстана с Узбекистаном и Кыргызстаном. Основная территория Аксу-Джабаглы занимает западную часть хребта Таласский Алатау и крайнюю северо-восточную ветвь Угамского хребта в интервале высот 1100-4200 м над уровнем моря.