У Алматинского заповедника нелегкая история. Он был создан 15 мая 1931 г. как Мало-Алма-Атинский с площадью в 15000 га. В 1935 г. после увеличения его площади до 40000 га, а затем до 856680 га, он стал именоваться Алма-Атинским и, кроме бассейна Малой Алмаатинки, включал уже Жаланашскую и Согетинскую долины с прилегающими горами. Однако в 1939 г. началась передача отдельных участков его территории различным организациям, а в 1951 г. заповедник был ликвидирован.
Только 31 июля 1961 г. постановлением Совета Министров Казахской ССР № 524 заповедник восстановили, но уже на территории Чиликской, Табанкарагайской и Таучиликской лесных дач. Через три года, в 1964 г., его перенесли на современную территорию — в бассейн рек Иссык и Талгар. В настоящее время заповедник занимает площадь 71 700 га. Центральная усадьба находится в г. Талгар в 25 км от г. Алматы.
Основная цель заповедника — сохранение природных комплексов центральной части Заилийского Алатау, включая объекты животного и растительного мира, а также изучение закономерностей естественного развития этих комплексов.
Хребет Заилийский Алатау -месторасположение заповедника, находится на севере горной системы Тянь-Шань. В своей центральной части он образует Талгарский горный узел, где достигает максимальной высоты (пик Талгар — 4979 м над уровнем моря). На охраняемой территории от основной гряды Заилийского Алатау ответвляются несколько мощных отрогов, которые являются водоразделами рек. Самые многоводные реки -Юго-Восточный, Левый, Средний и Правый Талгары, а также Иссык и Южный Иссык. При относительно небольшой глубине (до 1 м) и ширине (от 5 до 10 м) их бурное течение обусловлено большим перепадом высот. Энергия воды настолько велика, что монолитные скалы стачиваются, дробятся и перемалываются в песок, уступая путь ее мощному натиску. Бушующая масса с ревом несется вниз, увлекая за собой огромные каменные валуны, а иногда и сносит бетонные инженерные сооружения.
Верховья крупных рек, берущих свое начало в ледниках, оживляют моренные и завальные озера. Самое крупное озеро Музколь находится в верховьях р. Иссык (3600 м над ур. м.), его площадь составляет 46 300 кв.м, а глубина — 25,5 м. В бассейне этой реки находятся два озера обвально-тектонического происхождения — Иссык и Акколь. Красивейшее озеро Иссык в первозданном виде существовало до 1963 года. Жарким июльским днем разрушительный селевый поток в считанные минуты прорвал естественную плотину и стер живописное горное чудо с «лица» земли. Сохранившийся восточный залив озера в настоящее время медленно заполняется водой и постепенно увеличивается.
Все крупные реки и озера получают основную подпитку от таяния ледников, которых в заповеднике очень много. Только на северной стороне хребта их 113. Самый крупный ледник Шокальского, расположенный в бассейне р. Средний Талгар, имеет длину почти 5 км. Он пульсирует с периодичностью в 20-24 года. Язык ледника растрескивается на многочисленные блоки и быстро продвигается вниз. На южной стороне хребта у истоков реки Чилик расположен мощнейший узел современного оледенения, куда входят 86 ледников. Самые крупные из них — ледник Корженевского длиной около 12 км и ледник Богатырь длиной более 8 км.
На территории заповедника много других уникальных творений природы. В верховьях урочища Прямая щель расположен самый большой в Северном Тянь-Шане глетчер около 3,5 км длиной. Он движется со скоростью нескольких десятков сантиметров в год и отличается самым низким расположением (2400 м над ур. м.) среди активных глетчеров региона. Есть в заповеднике и термальные источники, например, в зоне подземных разломов бассейна р. Талгар (1850 м над ур. м.). Воды источников радоновые и натриевые.
Большое разнообразие природных условий территории заповедника обусловлено в первую очередь четко выраженной высотной поясностью.
Ландшафты низкогорий представлены в интервале высот от 1200 до 1800 м над ур. моря. В верхней части низкогорного пояса часты выходы коренных пород по крутым склонам, но в целом преобладают мягкие формы рельефа. На северных склонах лиственные леса из березы, осины, яблони и абрикоса чередуются с высокотравными лугами и зарослями кустарников. Почвы горно¬лесные и горно-степные, местами каменистые. На южных склонах преобладают злаково-разнотравные степи на горных выщелоченных черноземах, а также кустарниковые заросли с участием таволги, шиповника, жимолости и стелющегося можжевельника казацкого.
Среднегорья (до 2800 м) занимают лесолугово-степной пояс. На северных склонах и участках с глубоко расчлене иным рельефом обычны густые островки лесов из ели Шренка -необычайно эффектного украшения гор заповедника во все сезоны года. Более пологие склоны заняты лугами с богатым травостоем. В верхней части склонов нередки выходы скал и крупнокаменистые осыпи. По долинам рек узкой полосой тянутся заросли березы, различных видов ив и тополя таласского, а в верхней части — ели. Южные склоны заняты злаково-разнотравными степями. Рельеф отличается сравнительно неглубоким, но густым расчленением. Почвы лесолугового пояса тоже разнообразны. Под пологом ельников развиты темноцветные черноземовидные почвы, на безлесных участках — горно-луговые и горно¬степные.
Субальпийский пояс (2700-3100 м) характеризуется хорошей задернованностью склонов. Холмисто-моренные днища долин заняты кобрезиево-разнотравными субальпийскими лугами. Северные склоны покрыты разнотравно-злаковыми лугами с густым травостоем. В плоских понижениях встречаются сырые высокогорные луга — сазы. Южные склоны у верхней границы леса окаймлены густыми зарослями стелющейся арчи, а поляны покрыты лугово-степной растительностью. Значительные площади здесь занимают осыпи и выходы скал. Почвы субальпийского пояса преимущественно горно¬луговые, а на сырых лугах — лугово-болотные.
Альпийский пояс простирается до подножий современных морен и ледников (3400 м). В нижней половине пояса преобладают кобрезиевые луга, а в верхней -разнотравно-кобрезиевые лужайки. Пониженные участки заняты злаково-разнотравными лугами, которые выделяются пестротой ярко цветущих видов. Почвы под этими лугами маломощные, оторфованные, иногда слабо заболоченные. На мелкозе мистых склонах южной экспозиции распространены высокогорные степи. Почвы таких участков с самой поверхности сильно ощебнены.
Верхнюю часть гор занимает гляциально-нивальная зона, где отчетливо выделяются два высотных пояса. В нивальном (3400-3900 м) господствуют скально-осыпные ландшафты с изреженной травянистой растительностью. Гляциальный пояс (выше 3900 м) — пояс скал, снега и льда.
