В пятидесятые годы двадцатого столетия малонаселенный до этого Центральный Казахстан стал активно осваиваться. Поднимать целинные земли приехали тысячи людей, привнеся в нетронутые доселе пространства цивилизацию — разрушение естественных природных комплексов, а именно: распашку степи, строительство поселков, ферм, дамб на реках и ручьях, увеличение количества скота, уничтожавшего растительный покров. Встал вопрос о сохранении эталонных участков уникальной казахстанской степи. В 1957 г. озеро Тенгиз объявили охотничьим заказником, а год спустя на этом месте был организован Кургальджинский заповедник, охвативший степные участки южнее Тенгиза. В течение последующих 10 лет режим охраны и местоположение охраняемых территорий неоднократно менялись.
С 1968 г. и поныне в Кургальджинский заповедник входят только озера Тенгиз и Кургальджин с небольшой двухкилометровой зоной вокруг них, уникальные степи остались вне его охраны. В 1974 г. этот заповедник был включен в Рамсаарский список по категории А.
Кургальджинский заповедник в современных границах занимает около 2600 кв.км самой низкой части Тенгиз-Кургальджинской впадины, куда стекают основные реки между Казахским мелкосопочником и Кокчетавской возвышенностью. Рельеф здесь выровненный, к западу и югу от Тенгиза слегка всхолмленный. Абсолютные высоты впадины 304-420 м над уровнем моря.
В заповедник включены два огромных озера, являющиеся конечным пунктом медленно несущей свои воды реки Нура. Как и другие озера Центрального и Северного Казахстана, они имеют циклическое наполнение (уровень воды в них значительно колеблется в зависимости от сезона) и многолетние колебания. Из-за этого мелководные озера год от года чрезвычайно различаются по размерам, форме и рисунку береговой линии.